Изложены основные результаты создания нового методического аппарата анализа, структурирования и интеграции эколого-географической информации в единую многоаспектную и многоуровневую проблемно-ориентированную картографическую информационную систему (КИС) на примере Байкальского региона, которая инкорпорирована в структуру специально созданных геопорталов. Особенностью концепции является использование системного подхода к созданию картографических моделей макрорегионального, регионального, муниципального и локального уровней как комплекса взаимосвязанных произведений, обеспечивающего эффективную обработку, интерпретацию, анализ и обобщение разнообразной природной, социально-экономической и экологической информации для обоснования экологически устойчивого развития территорий. Природный, социально-экономический и экологический потенциалы территорий, возможности современного и перспективного использования ресурсов среды и их охраны в разработанной КИС могут быть представлены таким образом, чтобы они могли быть вовлечены в разработку хозяйственных, экологических и социальных инновационных проектов и мероприятий.